Sayangnya, Limbah industri dan rumah tangga yang dibuang ke sungai menjadi racun bagi Pesut Mahakam. Racun ini dapat menyebabkan penyakit, cacat lahir, dan bahkan kematian.

Penambangan pasir dan batu bara di sungai merusak habitat Pesut Mahakam dan mengganggu aktivitas mereka.

Pemerintah Indonesia telah menetapkan Pesut Mahakam sebagai satwa yang dilindungi. Upaya pelestarian habitat dan edukasi masyarakat terus dilakukan.

Organisasi non-pemerintah seperti Yayasan Konservasi Rare Aquatic Species of Indonesia (RASI) bekerja sama dengan masyarakat lokal untuk melindungi Pesut Mahakam dan habitatnya.

Masyarakat lokal mulai sadar akan pentingnya menjaga kelestarian Pesut Mahakam. Mereka terlibat dalam program pelestarian dan patroli sungai.