Pasca terjadinya fusi antara Nahdlatul Ulama (NU) dengan Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Hamzah aktif bergerak menjadi anggota DPR bagi PPP serta menjadi pengurus penting PPP sampai akhirnya menjabat menjadi Ketua Umum Partai Persatuan Pembangunan itu.

Dalam pemilihan Wakil Presiden yang dihadiri oleh 700 anggota MPR, Hamzah Haz berhasil unggul dan mengalahkan pesaingnya seperti Susilo Bambang Yudhoyono dan Akbar Tanjung.