Daihatsu Xenia dilengkapi ABS (Antilock Brake System), EBD (Electronic Brakeforce Distribution), dan ESS (Emergency Stop Signal) untuk memaksimalkan performa pengereman yang lebih aman dan optimal. 

HSA (Hill Start Assist) yang berfungsi mencegah mobil bergerak mundur saat berada di tanjakan, VSC (Vehicle Stability Control) mencegah over steer dan under steer yang terdapat mulai pada varian X dengan transmisi CVT, Dual Airbag, Auto Door Lock pada seluruh varian.

Selain itu, berbagai fitur keamanan lainnya seperti Immobilizer, Window Jam Protection, dan Rear parking Camera & 360° Around View Monitor pada beberapa varian untuk membantu visibilitas pengendara saat bermanuver mundur.