Dalam RUU tersebut terdapat perubahan-perubahan muatan dalam pasal sudah diputuskan dalam rapat panitia kerja (panja).

Baca juga: Kelakar Zulhas Soal Anggaran Kemendag Turun: Saya Sedih, Tapi Teten Lebih Gawat Lagi
 
Perubahan dalam RUU tersebut, di antaranya terdapat penyisipan pasal yakni Pasal 6A soal pembentukan kementerian tersendiri, kemudian disisipkan juga Pasal 9A soal presiden yang dapat mengubah unsur organisasi sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan.
 
Selanjutnya salah satu poin penting dalam RUU itu adalah perubahan Pasal 15. Dengan perubahan pasal itu, presiden kini bisa menentukan jumlah kementerian sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan negara, tidak dibatasi hanya 34 kementerian seperti ketentuan dalam undang-undang yang belum diubah.